Киндзи Фукасаку родился в городе Мито префектуры Ибараки, на острове Хонсю. В 1953 году поступает ассистентом режиссёра на студию Toei Animation, которая в основном выпускала фильмы о самураях и красочные костюмированные драмы. К 1961 году относится его первая самостоятельная режиссура. Первые фильмы Киндзи Фукасаку были традиционные гангстерские ленты о якудза. Однако с 1971 года, под влиянием итальянского неореализма, он постепенно сокращает количество гангстерского кино. Переломным в этом отношении стал 5-серийный фильм «Борьба без правил» (仁義なき戦い), в котором действие происходит в послевоенной Хиросиме.
Наряду с новыми якудза-фильмами режиссёр ставит также научно-фантастическое кино и исторические ленты. Первая большая известность приходит к Киндзи Фукасаку в 1970 году, после съёмок американо-японского фильма «Тора! Тора! Тора!», на которых он был одним из трёх режиссёров (единственным из Японии), заменив Акиру Куросаву, который первоначально должен был режиссировать эту картину. Фильм повествует о начале Второй мировой войны на Тихом океане, о нападении японских вооружённых сил на Перл-Харбор в декабре 1941 года.
Новый успех пришёл к мастеру в 2000 году, когда на экраны вышел его фильм-антиутопия «Королевская битва». Режиссёр скончался от рака предстательной железы в 2003 году, во время съёмок продолжения, «Королевская битва 2. Реквием». Работу эту закончил сын режиссёра, Кэнта.
Фукасаку и актёр Синъити Тиба были лучшими друзьями. Актёр массовки Сэйдзо Фукумото в своей автобиографии сообщал, что Киндзи всегда был внимателен к исполнителям второстепенных и третьестепенных ролей, и даже знал актёров массовки по именам, что для режиссёра необычно.